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華中農大牽頭 方便研究人員對不同種質基因等進行查詢分析
洪山實驗室科研人員在進行水稻研究記者近日從華中農業大學獲悉，華中農業大學作物遺傳改良全國重點實驗室、湖北洪山實驗室張建偉教授課題組發表最新研究成果。該校張建偉教授課題組聯合國內外高校與科研團隊，以代表亞洲稻群體結構的高質量基因組為對象，構建并全面分析基因組倒位圖譜，建成了世界上首個基于同源基因簇的水稻泛基因組綜合數據庫——水稻基因索引數據庫。相關研究成果已在《自然·通訊》與《分子植物》發表。
亞洲栽培稻是世界一半人口的主食。預計2060年至2070年，世界人口數量將增加到約100億，科研人員迫切需要培育產量高、營養豐富、綠色環保和氣候適應性更強的新品種。
據介紹，這個數據庫如同一本近義詞詞典。在數據庫里，亞洲稻的每一個基因都能輕松找到同源或相近的基因，以及追蹤其演變歷史。目前，數據庫儲存于華中農業大學，向全球開放免費使用。張建偉表示，全球有約五百萬份水稻種質及其野生近緣種，這些資源的基因組變異中（單核苷酸多態性、插入缺失、倒位和易位等）蘊藏著品種改良的重要信息，對其開展基于泛基因組的多組學研究具有重要意義。
水稻基因索引數據庫可為每個水稻基因建立一張“綜合圖文信息卡片”，實現不同功能和常用數據庫之間的快速鏈接，記錄包括OGI、基因通用名、序列、功能、表達等基本信息，并以可交互示意圖展示該基因轉錄本結構、可變剪接事件、同源關系網絡圖和系統發育樹等。
該平臺能為用戶提供豐富的模塊和工具，方便研究人員對不同種質基因以及基因同源關系進行查詢、分析和可視化，為全球水稻研究學者提供免費在線檢索和分析服務。研究員可通過關鍵詞、序列、同源關系等三種方式在數據庫中進行搜索，并在微觀和宏觀尺度對種質間基因組共線性進行分析和可視化。
記者：鄭莉莉 張宇馳通訊員：丘劍山
責編：一冰
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